На сегодняшний день коллекция Музея нонконформистского искусства насчитывает 3123 произведения, репродукции 927 из них представлены в разделе «Цифровая коллекция».

Основной массив работ из коллекции МНИ относится ко второй половиной ХХ — началом ХХI века. Ядро коллекции составляют работы художников-нонконформистов второй волны, начиная от брежневской эпохи до постсоветского периода. В коллекции представлены произведения художников «Арефьевского круга», представителей Газаневской культуры, участников квартирных выставок, различных художественных групп и объединений (Сидлинцев, Стерлиговцев и др.). Значительное место в коллекции занимают работы художников арт-центра «Пушкинская-10», а также работы членов Товарищества «Свободная культура».

В коллекции преобладают графика (1649 шт.) и живопись (1065 шт.), но также представлены фотография (279 шт.), скульптура и объект (130 шт.) Превалирование графики можно объяснить тем, что эта техника была наиболее доступной для неофициальных художников советского времени. Среди 413 авторов в собрании представлены 82 женщины и 331 мужчина. В контексте нонконформистского искусства и с учетом тяжелых условий работы в художественном, такое соотношение можно считать приемлемым.

Коллекция музея продолжает пополняться. На данный момент главный фактор, сдерживающий ее рост – нехватка площадей для хранения.